หัวใจสำคัญของการผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธีข้อห้าม หัวใจสำคัญของการผลิตปุ๋ยอินทรีย์ด้วยวิธีนี้ คือ ต้องรักษาความชื้นภายในกองปุ๋ยให้มีความเหมาะสมอยู่เสมอตลอดเวลาทั้งภายในและภายนอกกองปุ๋ยด้วยวิธีการ 2 ขั้นตอนข้างต้น บริเวณใดที่แห้งเกินไปหรือแฉะเกินไปจุลินทรีย์จะไม่สามารถย่อยสลายได้ ทำให้วัสดุไม่ย่อยสลาย กระบวนการอาจใช้เวลานานถึง 6 เดือนถึง 1 ปีก็ได้ ข้อห้าม ของการผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธี ข้อห้ามของการผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธีนี้คือ1. ห้ามขึ้นเหยียบกองปุ๋ยให้แน่น หรือเอาผ้าคลุมกองปุ๋ย หรือเอาดินปกคลุมด้านบนกองปุ๋ย เพราะจะทำให้อากาศไม่สามารถไหลถ่ายเทได้2. ห้ามละเลยการดูแลความชื้นทั้ง 2 ขั้นตอน เพราะถ้ากองปุ๋ยแห้งเกินไป จะทำให้ระยะเวลาแล้วเสร็จนานและปุ๋ยอินทรีย์มีคุณภาพต่ำ3. ห้ามวางเศษพืชเป็นชั้นหนาเกินไป การวางเศษพืชเป็นชั้นหนาเกินไปจะทำให้จุลินทรีย์ที่มีในมูลสัตว์ไม่สามารถเข้าไปย่อยสลายเศษพืชได้4. ห้ามทำกองปุ๋ยใต้ต้นไม้ เพราะความร้อนของกองปุ๋ยอาจทำให้ต้นไม้ตายได้5. ห้ามระบายความร้อนออกจากกองปุ๋ย เพราะความร้อนสูงในกองปุ๋ยจะช่วยให้จุลินทรีย์ทำงานได้ดีมากขึ้น และยังช่วยให้เกิดการไหลเวียนของอากาศผ่านกองปุ๋ยอีกด้วย เศษพืชทุกชนิดสามารถนำมาใช้ผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธีนี้ได้ เช่น ฟางข้าวซังและเปลือกข้าวโพด ผักตบชวา เศษผักจากตลาด และเศษใบไม้ทั้งสดและแห้ง เป็นต้น ส่วนมูลสัตว์สามารถนำมาใช้ได้ทั้งมูลโค มูลไก่ และมูลสุกรทั้งแห้งและเปียก โดยพบว่า ฟางข้าว ผักตบชวา และเศษข้าวโพดเลี้ยงสัตว์เป็นเศษพืชที่ย่อยสลายได้ง่ายที่สุด ส่วนเมล็ดลำไยหรือลิ้นจี่ก็สามารถนำมาผลิตปุ๋ยอินทรีย์ได้แต่ต้องนำไปตีบดในเครื่องย่อยเศษพืชเสียก่อน การผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธีนี้จะช่วยลดการเผาฟางข้าวในนาได้โดยการไถกลบตอซังแล้วนำฟางข้าวกับมูลสัตว์ขึ้นกองปุ๋ยวิธีใหม่นี้ในนาใกล้แหล่งน้ำ เมื่อปุ๋ยอินทรีย์แห้งหรือถึงฤดูการเพาะปลูกก็นำไปใช้ในอัตรา 500–1,000 กก.ต่อไร่ แล้วไถกลบไปพร้อมกับการเตรียมดินได้เลยซึ่งจะช่วยประหยัดเวลาและแรงงานในการขนวัสดุได้มาก ปริมาณการใช้ปุ๋ยอินทรีย์ในการปลูกผักอินทรีย์คือ 500–2,000 กก.ต่อไร่หรือ 1 กก.ต่อ 1 ตารางเมตร การทำกองปุ๋ยอินทรีย์ยาว 4 เมตร จะให้ปุ๋ยอินทรีย์ 1 ตัน ใช้มูลสัตว์ประมาณ 30 กระสอบ คิดเป็นต้นทุนในการผลิตปุ๋ยอินทรีย์ตันละ 750 บาทในขณะที่ราคาจำหน่ายปุ๋ยอินทรีย์ในท้องตลาดคือตันละ 5,000–7,000 บาท

การผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธีใหม่ จากผลการค้นคว้าวิจัยของคณะวิศวกรรมและอุตสาหกรรมเกษตรมหาวิทยาลัยแม่โจ้ ในปี พ.ศ.2552 ได้มีนวัตกรรมใหม่ในการผลิตปุ๋ยอินทรีย์ที่ไม่ต้องพลิกกลับกอง เกษตรกรจะสามารถผลิตได้ปุ๋ยอินทรีย์คุณภาพดีปริมาณมากครั้งละ 10–100 ตัน ปุ๋ยอินทรีย์ที่ผลิตได้มีค่าตามมาตรฐานปุ๋ยอินทรีย์ของกรมวิชาการเกษตร พ.ศ.2551 เสร็จภายในเวลาเพียง 60 วันเรียกว่าวิธี “วิศวกรรมแม่โจ้ 1” ที่ไม่ส่งผลกระทบใดๆ ต่อสิ่งแวดล้อมไม่มีกลิ่นและน้ำเสีย วัตถุดิบมีเพียงเศษพืชกับมูลสัตว์เพียง 2 อย่างเท่านั้นโดยถ้าเศษพืชเป็นฟางข้าวหรือเศษข้าวโพดเลี้ยงสัตว์หรือผักตบชวา อัตราส่วนระหว่างฟางข้าวหรือเศษข้าวโพดหรือผักตบกับมูลสัตว์คือ 4 ต่อ 1 โดยปริมาตรและถ้าเป็นเศษใบไม้ให้ใช้อัตราส่วน 3 ต่อ 1 โดยปริมาตร ขั้นตอนการผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธี ขั้นตอนการผลิตปุ๋ยอินทรีย์วิธี “วิศวกรรมแม่โจ้ 1” มีดังนี้ -ฟางข้าว 4 ส่วน มูลโค 1 ส่วน วางเป็นชั้นบางๆ หนา 10 ซม. ฐานกว้าง 2.5 เมตรรดน้ำแต่ละชั้นให้ชุ่ม-วางฟางสลับกับมูลสัตว์ 15–17 ชั้นกองเป็นรูปสามเหลี่ยม สูง 1.5 เมตรมีความยาวของกองไม่จำกัด รักษาความชื้นภายในกองปุ๋ยให้มีความเหมาะสมอยู่เสมอตลอดเวลา (มีค่าประมาณร้อยละ 60–70) โดยมี 2 ขั้นตอนดังนี้ ขั้นตอนที่ 1 รดน้ำภายนอกกองปุ๋ยวันละครั้ง โดยไม่ให้มีน้ำไหลนองออกมาจากกองปุ๋ยมากเกินไปขั้นตอนที่ 2 เมื่อครบวันที่ 10 ใช้ไม้แทงกองปุ๋ยให้เป็นรูลึกถึงข้างล่างแล้วกรอกน้ำลงไป ระยะห่างของรูประมาณ 40 เซนติเมตร ทำขั้นตอนที่สองนี้ 5 ครั้ง ระยะเวลาห่างกัน 10 วัน เมื่อเติมน้ำเสร็จแล้วให้ปิดรู เพื่อไม่ให้สูญเสียความร้อนภายในกองปุ๋ย ขั้นตอนนี้แม้ว่าอยู่ในช่วงของฤดูฝนก็ยังต้องทำ เพราะน้ำฝนไม่สามารถไหลซึมเข้าไปในกองปุ๋ยได้ จากข้อดีที่น้ำฝนไม่สามารถชะล้างเข้าไปในกองปุ๋ยได้ เกษตรกรจึงสามารถผลิตปุ๋ยอินทรีย์ด้วยวิธีนี้ในฤดูฝนได้ด้วย ภายในเวลา 5 วันแรก กองปุ๋ยจะมีค่าอุณหภูมิสูงขึ้นมาก บางครั้งสูงถึง 70 องศาเซลเซียส ซึ่งเป็นเรื่องปกติสำหรับกองปุ๋ยที่ทำได้ถูกวิธี ความร้อนสูงนี้เกิดจากกิจกรรมการย่อยสลายของจุลินทรีย์ (จุลินทรีย์มีมากมายและ หลากหลายในมูลสัตว์อยู่แล้ว) และความร้อนสูงนี้ยังเป็นสภาวะแวดล้อมที่เหมาะสมกับการทำงานของจุลินทรีย์ในกองปุ๋ยอีกด้วย (จุลินทรีย์กลุ่ม Thermophiles และ Mesophiles) หลังจากนั้นอุณหภูมิจะค่อยๆ ลดลงจนมีค่าอุณหภูมิปกติที่อายุ 60 วัน ขั้นตอนแรก รักษาความชื้นภายนอกกองโดยรดน้ำวันละครั้งขั้นตอนที่สอง เอาไม้แทงกองปุ๋ยทุก 10 วันเพื่อเติมน้ำภายในกอง เมื่อกองปุ๋ยมีอายุครบ 60 วัน ก็หยุดให้ความชื้น…

ในการเพาะปลูกของเกษตรกรสิ่งที่มีความจำเป็นและสำคัญที่สุดคือความอุดมสมบูรณ์ของดิน ความอุดมสมบูรณ์ของดินจะได้มาจากการที่มีอินทรีย์วัตถุสะสมอยู่ในดินอยู่มาก จุลินทรีย์ดินจะใช้อินทรีย์วัตถุเป็นสารอาหารแล้วปลดปล่อยแร่ธาตุที่จำเป็นให้แก่พืชในปริมาณที่พืชต้องการอย่างเพียงพอ ซึ่งได้แก่ ธาตุอาหารหลัก (ไนโตรเจน-N ฟอสฟอรัส-P2O5 และโพแทสเซียม-K2O) ธาตุอาหารรอง (ซัลเฟอร์ แคลเซียม และแมกนีเซียม) และ จุลธาตุ (แมงกานีส ทองแดง โบรอน โมลิบดินัม เหล็ก คลอรีน และสังกะสี)ดังนั้น การเติมความอุดมสมบูรณ์ให้กับดินวิธีหนึ่งคือการใช้ปุ๋ยหมักหรือ ปุ๋ยอินทรีย์ ซึ่งนอกจากจะเป็นการเพิ่มแร่ธาตุให้กับพืชแล้ว ปุ๋ยอินทรีย์ยังช่วย ลดความเป็นกรดของดินที่เกิดจากการใช้ปุ๋ยเคมีและยาฆ่าหญ้าอย่างยาวนานได้อีกด้วย นอกจากนี้ ในอดีตก่อนที่จะมีการผลิตปุ๋ยเคมีขึ้นในโลก เกษตรกรในประเทศไทยก็ได้มีการสร้างความอุดมสมบูรณ์ให้กับดินในการเพาะปลูกโดยการใช้มูลสัตว์ต่างๆ เช่น มูลโค มูลกระบือ และมูลไก่ เป็นต้น ประเทศไทยในขณะนั้นสามารถส่งออกข้าวเป็นที่ 1 ของโลกมาโดยตลอด ทั้งๆ ที่ไม่มีปุ๋ยเคมีใช้ แต่ปัจจุบัน ภายหลังจากการ “ปฏิวัติเขียว” หรือการนำปุ๋ยเคมีเข้ามาจำหน่ายในประเทศไทยประมาณปี พ.ศ.2503 การเกษตรกรรมของไทยก็ได้ใช้ปุ๋ยเคมี สารเคมี และยาฆ่าหญ้าอย่างหนัก โดยลืมที่จะเติมความอุดมสมบูรณ์ให้กับดินอย่างแต่ก่อน การใช้ปุ๋ยเคมีและสารเคมีอย่างยาวนาน 40-50 ปีได้ทำให้ดินเพาะปลูกเสื่อมสภาพลงอย่างมาก กลายเป็นดินที่แน่น แข็ง และเป็นกรด รากพืชไม่สามารถชอนไชหาอาหารได้ดี ความเป็นกรดของดินทำให้เกิดการละลายของธาตุอะลูมิเนียมออกมาแล้วดูดซึมเข้าทางรากพืช ทำให้พืชไม่แข็งแรงกลายเป็นโรคง่าย และเชื้อราที่เป็นโรคพืชบางชนิดยังทำงานได้ดีในดินที่เป็นกรดอีกด้วย ทำให้เกษตรกรต้องใช้ปุ๋ยเคมีและสารเคมีเพิ่มมากขึ้นทุกปีทำให้มีต้นทุนสูงขึ้น และในขณะเดียวกัน การเผาทำลายเศษพืชในแต่ละครั้งก็ส่งผลให้อินทรีย์วัตถุและจุลินทรีย์ดินที่มีอยู่น้อยพลอยสลายตัวหายไปอีก เพื่อให้ความอุดมสมบูรณ์ของดินกลับคืนมาเกษตรกรจึงควรงดการเผาเศษพืช และนำเศษพืชมาผลิตเป็นปุ๋ยอินทรีย์คุณภาพดีแล้วนำไปปรับปรุงบำรุงดินเพื่อเพิ่มอินทรีย์วัตถุ เพิ่มความอุดมสมบูรณ์ให้กับดิน ที่จะส่งผลให้การใช้ปุ๋ยเคมีและสารเคมีลดลง ซึ่งหมายถึงต้นทุนการผลิตก็จะลดลง ผลผลิตเพิ่มมากขึ้น มีผลกำไรมากขึ้น ดินเพาะปลูกจะกลับมาเป็นดินดำที่ฟูนุ่ม โครงสร้างเม็ดดินจะร่วนซุยขึ้น มีไส้เดือนกลับคืนมาที่ช่วยการชอนไชของรากพืช พืชก็จะกลับมาแข็งแรง เกษตรกรและประชาชนจะมีสุขภาวะที่ดีจากการลดควันพิษจากการเผาและลดการใช้สารเคมี